• 使用Python編寫，支持流式處理（stdin/stdout）

• 適用于快速過濾 Nanopore/PacBio 數據

• 支持設置平均質量、最小長度、首尾裁剪等參數

• 使用C++開發，效率更高

• 核心理念是打分排序 + 截留最優子集

• 可結合參考序列選擇對參考更接近的 reads

• -q：最低平均質量（Phred）

• -l：最小read長度

• --headcrop：去除首端堿基（清理起始低質區域）

• --tailcrop：去除尾端堿基（去除末端漂移或污染）

??為什么要設置 --headcrop / --tailcrop？

因為三代測序因信號捕獲機制，首尾堿基常存在質量劣化或接頭殘留，容易誤導下游分析。合理裁剪首尾可有效提升 reads 整體質量，降低比對錯誤率。

• Nanofilt：原生支持標準輸入/輸出（stdin/stdout），可無縫嵌入 | minimap2 | samtools 流式流程；

• Filtlong：支持從 stdin 讀取數據，但輸出默認寫入文件，若需輸出到 stdout 需顯式使用 -，但流式處理兼容性相對較差，建議作為獨立質控步驟使用。

• Nanofilt更側重高效質量過濾，操作簡潔且裁剪功能靈活多樣；

• Filtlong更適合按目標堿基量篩選優質reads，支持基于參考的輔助優化；

• 若目標是精簡且高質量子集，Filtlong 優勢明顯；反之若注重整體數據質量均衡，NanoFilt 更為便捷。